Tombouctou après avoir été une terre d’aisance, de sécurité et de science devint pendant les 80 ans d’occupation marocaine une terre de trouble et de pauvreté, les savants qui osaient résister comme cheikh Ahmed Baba furent arrêtés et déportés. Le cheikh arrivé au Maroc impressionna par sa science et fut libéré à la demande des savants marocains.
Ahmed Baba rencontra le sultan et n’hésita pas à lui reprocher sa conduite. Il fut ensuite autorisé à ouvrir une école où se pressèrent les plus grands savants.