Le gouvernement Millet prit prétexte de l’accession du Maroc à l’indépendance pour mettre fin aux liens établis par la direction de la mosquée avec le Palais Royal chérifien depuis les années 1920.
De son côté le gouvernement général cherchait depuis le début des années 1950, à avoir un droit de regard sur les activités de la mosquée de Paris.
Pour atteindre ces deux objectifs, sur proposition de Robert Lacoste, ministre résident en Algérie et du ministre de l’intérieur, Mollet, agréa le 18/05/1957, Hamza Boubakeur, comme directeur de l’institut de la mosquée de Paris, Ahmed Benghabrit alors recteur fut expulsé et la famille Boubakeur installé de force par le commissaire du Ve arrondissement.
Le profil de Hamza Boubakeur correspondait aux besoins de la lutte anti-indépendantiste.