Puis vint l’occupation allemande, les allemands voulurent réquisitionner la mosquée de Paris et y placer Hadj Amine Al Hosseini, un palestinien devenu l’artisan de l’Allemagne afin de pouvoir contrer les britanniques qui avaient promis un foyer juifs en Palestine.
Kaddour résistait, en tant que représentant du sultan du Maroc à Paris il jouissait d’une certaine immunité diplomatique, les allemands ne voulant pas se mettre à dos les musulmans abandonnèrent leur projet.
Ils lui firent alors des propositions de financement et de participer à la mise en place de la politique islamique conçue par le 3e Reich, ainsi qu’inciter les musulmans de France à collaborer avec les allemands, mais Si Kaddour déclina la proposition.
L’institut musulman devint alors un lieu secret de résistance à l’envahisseur nazi, les familles juives en attente de papiers pour se rendre en zone libre s’y réfugiaient ainsi que les francs-tireurs.
