Au début du XVI ème siècle, Dom Manuel 1er se proclame roi du Portugal et des algarves ainsi que seigneur de Guinée, d’Éthiopie, d’Arabie, de la perse et de l’Inde.
Lui et son peuple prennent la tête de la croisade européenne contre les africains.
Sa première victoire est la prise de Ceuta, sur la côte marocaine, il transforme alors la grande mosquée de la ville en cathédrale.
Ses trois fils sont chargés de continuer la conquête, dom Duarte, dom Pedro et dom Henrique (Henri le navigateur).
Les portugais se dirigent ensuite vers les cotes de Mauritanie où ils font une gigantesque razzia et capturent des africains sans défense qu’ils envoient au Portugal.
C’est le début de la traite négrière.
Lorsque le négrier portugais Dinis Dias aperçoit un cap dont la végétation luxuriante contraste avec les étendues arides des côtes mauritaniennes, il ne nomme « cap vert ».
Arrivés sur les côtes du Sénégal, la population alerte Mansa Mahmoud, chef et imam qui organise alors la résistance.
Dini Dias face à cette résistance s’enfuit en capturant quelques africains.
De retour au Portugal il tente de mobiliser la jeunesse en leur promettant des montagnes d’or, les volontaires affluent de tout le pays.
Les portugais dirigés par Dom Henrique mettent le cap sur la Gambie qu’ils surnommeront « côte d’esclaves ».
Les portugais continuent leurs conquêtes et obtiennent le monopole du commerce de nombreux pays.
Parmi les résistants les plus célèbres l’imam Ahmad Ibrahim Al Ghazi (1506-1543) qui va réussir à déstabiliser les pouvoirs et comptoirs négriers et mettre en déroute le corps expéditionnaire du négrier portugais Christophe de Gama, ce qui aura pour conséquence d’enraciner l’islam en Afrique.
Face à cette résistance les portugais vont bombarder en 1509 zanzibar, mafia et pemba, leur assurant le champs libre dans l’océan indien.
Mais la résistance ne faiblit pas au contraire, un dirigeant musulman d’origine turque Amir Ali Bey va encadrer un nombre impressionnant d’africains qui vont mener le combat, la plupart d’entre eux ne sont pas musulmans mais vont le devenir par la suite.
Il s’installe à la tête des résistants à Mombasa, l’islam va fédérer un résistance intense qui va se lever contre les portugais et les négriers arabes.
Cet appel à la solidarité musulmane va être entendu dans toute l’Afrique, le souverain du plus grand état de l’Afrique de l’ouest, Askia Mohammed envoie en 1515 de Tombouctou sa troupe d’élite de 300 cavaliers.
Des volontaires arrivent du Yémen et de l’orient, un groupe de pèlerins indiens de retour de la Mecque répondent à l’appellent de Amir Ali Bey et rejoignent Mombasa en 1517.
En 1528 les portugais déclenchent de nouveaux bombardements sur Mombassa, Amir Ali Bey est tué, la résistance est alors désorganisée.
La résistance ne faiblit pas pour autant, dès 1652 le sultanat d’Oman lance un appel au jihad contre les portugais à l’occasion du pèlerinage et envoie sa flotte attaquer les comptoirs portugais de Pâté et zanzibar.
La guerre arabo-musulmane/portugais durera un siècle, en 1752 un accord sera signé, le traité Delgado, imposant aux portugais de se retirer de la côté orientale, cette zone libérée sera appelée par les historiens « zone arabe ».
